现保护区管理局已与周边的加格达奇林业局、呼玛县、新林林业局以及当地政府建立了共管机制，并形成了以松岭林业局为主和周边林业局为辅森林防火联防体系。建立健全了各项规章制度和管理办法。制定了黑龙江南瓮河国家级自然保护区管理条例。有效地保护了该区域动植物资源和生态环境，对保护区的生物多样性保护起到了非常重要的作用。随着保护区法制建设的日益完善和管理工作的不断加强，保护区的各项管理工作已走上正规化、法制化，效果显著。