黑龙江南瓮河国家级自然保护区是2003年6月被国务院批准为国家级自然自然保护区。2011年10月被列入湿地公约国际重要湿地名录。

黑龙江南瓮河国家级自然保护区位于大兴安岭东部伊勒呼里山南麓，地理坐标北纬51°05′07″—51°39′24″，东经125°07′55″—125°50′05″。保护区总面积为229523公顷，其中：湿地面积70480公顷、森林面积为128137公顷；根据保护区动植资源和湿地的分布情况，将其划为核心区面积为74785公顷、缓冲区面积为63829公顷、实验区面积为90909公顷。

黑龙江南瓮河国家级自然保护区属低山丘陵地貌，地势为北高南低，西高东低，海拔一般为500-800米，最低海拔370米，最高海拔1044米。保护区地处寒温带，属于寒温带大陆性季风气候，受西伯利亚寒流的影响，冬季漫长严寒干燥，温暖季节较短。极端最低气温-48℃，极端最高气温36℃，年平均气温-3℃。无霜期90-100天，植物生长期110天左右。保护区境内河流密布，主要河流有二根河、南阳河、南瓮河、砍都河等大小河流20余条，其流向由北（西北）向南（西南）贯穿全境后注入嫩江，是嫩江的主要发源地和水源涵养地，是松嫩平原的重要生态屏障。

黑龙江南瓮河国家级自然保护区属于我国高纬度寒温带水域内陆湿地生态类型的自然保护区，具有完整的生态系统、典型的寒温带森林植被类型和自然的生态演替过程，是生物科学研究、冻土研究和科普教育的理想基地，具有极高的生态价值、社会价值和科研价值。在生态系统多样性方面，发育完整，类型齐全。包含森林生态系统、草甸生态系统、沼泽生态系统、水生生态系统等多种生态系统类型，拥有亚洲最大的寒温带冻土湿地岛状林群落。在生物多样性方面，物种资源丰富，基本涵盖了大兴安岭寒温带原始林区内所有的陆生、湿生、水生生物类群物种。保护区内有植物资源61科800余种，其中药用植物400余种，其中包含樟子松、钻天柳、黄菠萝、草苁蓉、黄芪等国家级保护植物及珍稀植物12种。野生动物有74科309种，其中包含兽类49种，鸟类216种，两栖爬行动物31种，鱼类13种。其中国家Ⅰ级保护动物有紫貂、熊貂、东方白鹳、金雕、丹顶鹤、驼鹿、白枕鹤、黑琴鸡等15种，国家Ⅱ级保护动物有棕熊、雪兔、小天鹅、大天鹅、鸳鸯、花尾榛鸡等56种。在遗传多样性方面，容纳了大兴安岭寒温带针叶林区的所有森林植物、野生动物、森林昆虫、大型真菌，是丰富的物种资源和大型基因库，是人类采种育种的良好基地。

黑龙江南瓮河国家级自然保护区内原始森林与沼泽构成了东北区独特的冷湿景观。保护区内有湖泊溪流、沼泽草甸等水域风光，冻土岛状林、野生动物观赏等生物资源，湿地迷雾、林海日出等天象与气候现象。因为旅游资源丰富，生态旅游潜力巨大，2010年评为“兴安十大名片”，2013年入选中国50家最美湿地，2014年评为黑龙江省最具发展潜力和开发价值的“八大湿地低空旅行景区”，2015年评为国家AAA级景区、并获得首批“中国森林氧吧”称号，2016年评为黑龙江十大最美湿地。